在强奸案过了很长时间且没有直接证据的情况下，仍然可以采取一些措施来处理：

首先，要明确虽然直接证据对于案件的认定具有重要作用，但间接证据同样可能发挥关键作用。直接证据是能够单独、直接证明案件主要事实的证据，比如犯罪现场提取的精液、受害者身上的伤痕等与犯罪行为直接相关的证据。而间接证据是不能单独、直接证明案件主要事实，需要与其他证据相结合才能证明的证据，例如案发前后嫌疑人与受害者的接触情况、嫌疑人的行踪轨迹、通话记录等。

其次，受害者应及时向公安机关报案。根据相关法律规定，强奸属于严重的刑事犯罪，公安机关有责任进行调查。即使没有直接证据，警方也会根据受害者提供的线索展开侦查工作，尽力搜集证据。例如，警方可以通过调查访问，了解案发时周围的情况，寻找可能的目击证人；也可以通过技术手段，如查看监控录像等，获取与案件有关的信息。

再者，受害者本人也需要尽可能地提供有关线索。比如回忆案发的具体时间、地点、周围环境、嫌疑人的特征等细节，这些信息都有助于警方进行调查。同时，受害者还可以提供一些可能与案件有关的物品，如案发时穿着的衣物等，以便警方进行检验。

最后，需要注意的是，对于缺乏充分证据的案件，定罪可能会比较困难。根据我国刑事诉讼法的规定，定罪需要达到证据确实、充分的标准，即能够排除一切合理怀疑。但这并不意味着案件就无法处理，司法机关会根据具体情况进行综合判断。如果现有证据能够形成一个完整的证据链条，足以证明犯罪事实的存在，那么仍然可以对犯罪嫌疑人进行定罪处罚。