苏格兰籍主教练弗格森的加盟及90年代由他所一手栽培的年青球员，展开曼联雄霸英格兰的辉煌时代。

皇朝的序幕

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1986年11月6日，曼联邀请阿伯丁主教练弗格森加入接替被解雇的罗恩·阿特金森（Ron Atkinson）。弗格森早前曾带领的阿伯丁结束了凯尔特人及格拉斯哥流浪者在苏格兰足坛垄断局面，更于1983年击败皇家马德里夺得欧洲优胜者杯。在苏格兰享负盛名的弗格森南下，仍需要一段时间适应及重组球队，该届以第11名完成联赛，接着他在第二季先后收购安德森(Viv Anderson)，麦克莱尔（Brian McClair）及布鲁士（Steve Bruce），球队表现立即有所回升，最终落后利物浦9分获得联赛亚军。1988年5月，曼联球迷庆祝曾效力巴塞罗那及拜仁慕尼黑的麦克·晓仕（Mark Hughes）重返球队。

80年代末曼联成绩仍旧欠佳，弗格森未受欢迎，及后他开始引入由他所培训的青年球员比赛。1989年买入尼尔·韦伯（Neil Webb），恩斯（Paul Ince），帕莱斯特（Gary Pallister）以为可以大大强化中后场的实力，但加盟后韦伯受到伤患困扰，而当时以英国最高转会费后卫加盟的帕莱斯特表现未如理想。结果刚踏入1990年，更于作客1比5大败于同市俱乐部曼城，最终以失望的第十三名完成赛季。幸好足协杯赛事方面有所交代，五年内首次晋级决赛，并以1比0击败由前曼联球员史提夫·郭甫（Steve Coppell）执教的水晶宫第七度桂冠。

不断的挫折失败磨练着弗格森爵士的坚韧，曼联在1990年下半年后终于踢出应有水准，在欧洲优胜者杯意外地先后击退一众对手晋级决赛，对手是巴塞罗那，凭麦克·晓仕独取2球令球队自1968年毕树比年代后再获得欧洲赛锦标，而联赛以颇佳的第六名完成，遗憾的是能够晋级联赛杯决赛的他们0比1不敌乙组的锡周三。同年曼联宣布在伦敦证券交易所上市，当时俱乐部估价约1,800万英镑。

1992年曼联击败四届盟主诺丁汉森林赢得上年失落的联赛杯，而联赛代替青黄不接的利物浦与利兹联争夺联赛冠军，可惜最后阶段连败于诺丁汉森林、西汉姆联和利物浦，联赛冠军终而落在利兹联。这时球队天才快翼吉格斯以18岁之龄亮相，他同时获得该年最佳年青球员。

1992年曼联跻身成为第一届英格兰超级联赛的始创球队，弗格森在12月以低价从死敌利兹联收购上届冠军成员之一--坎通纳（Eric Cantona），这位法国球员不单为球队带来冠军，而且为曼联带来不一样的精彩。他加盟后令球队表现有如神助，在该届下半季联赛射入9个进球，加上拥有当时刚升上一队的出色丹麦门将舒梅切尔（Peter Schmeichel）以及一班拥有经验十足的球员例如帕莱斯特（Gary Pallister）、麦克·晓仕（Mark Hughes）、恩斯（Paul Ince）、艾云（Denis Irwin）及麦克莱尔（Brian McClair），最终协助曼联轻松夺得自1967年来首个顶级联赛冠军，并吸引新一代的球迷拥戴，也为曼联这段辉煌的历史拉开序幕。

英伦盟主

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经过一个成功赛季，弗格森为保持实力，买入不少优质球员及培训年青球员。球队代表人物“布莱恩·罗布森”（Bryan Robson）将他穿着的七号球衣交给新一代领军人物的“坎通纳”。在1993/94年赛季曼联一支独秀，最后以8分的优势抛离布莱克本流浪者轻松卫冕，并且在足协杯决赛4比0大胜切尔西，成为当时英格兰少有的双料冠军，只可惜联赛杯决赛1比3不敌阿斯顿维拉未能创造本土三料冠军。但阵中的灵魂人物坎通纳因为在足协杯决赛时射入两球，而当选为英格兰足球先生。而带领曼联于60年代进入黄金时期的伟大主教练巴斯比于1994年1月20日与世长辞。

1994年暑假，曼联以375万镑由诺丁汉森林收购22岁爱尔兰中场基恩（Roy Keane），弗格森收购的目的是取代效力多年及刚离队的布莱恩·罗布森的位置，其后布莱恩·罗布森挂靴离开曼联加入米德尔斯堡成为主教练。

虽然坎通纳拥有非凡领导能力，但火爆的脾气却大大影响他的辉煌足球生涯，1994年11月19日，一场对水晶宫的比赛因为对手球迷的挑衅以一脚“功夫脚”踢向该球迷，就是因这次冲突而令他判定由1995年1月起停赛八个月。同时间吉格斯等主将亦相继受伤，令曼联一度陷入低潮，最终联赛冠军被布莱克本流浪者取去了。1995-1996赛季开始前，曼联出售了多名主力球星，包括恩斯（Paul Ince）卖到国际米兰、马克·休斯（Mark Hughes）卖到切尔西、坎切尔斯基（Andrei Kanchelskis）卖到埃弗顿──合共赚了一千四百万英镑。1996年1月时，纽卡斯尔联队在英超积分榜领先曼联多达12分，大有攻入全场唯一进球战胜利物浦，获得双冠王，并成为英格兰第一支两次获得双冠王的球队。同赛季曼联最大的收获还有多名新秀，像斯科尔斯、大卫·贝克汉姆、加里· 内维尔等开始崭露头角，逐渐坐稳队中主力，为之后长期球队的成就打下了基础。

1997年，新加盟的索尔斯克亚表现出色，联赛攻入18球，曼联再夺联赛冠军。但5月份赛季刚刚结束时，28岁的队长坎通纳突然间宣布退役，但并未解释原因，结果引来了不少揣测。曼联战绩大受坎通纳退役消息影响，1997-1998赛季只以联赛第二名完成赛季，且一个冠军也捞不到。

三冠王和三连冠

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主条目：三冠王 (足球)和1999年欧洲冠军联赛决赛

第二年曼联随即发愤，1998-1999赛季以三料冠军（英超联、足协杯和欧联）完成赛季。英超最后一轮中，曼联2-1逆转托特纳姆热刺，力压阿森纳夺得冠军。在欧洲冠军联赛中，曼联先后力压巴塞罗那、国际米兰、尤文图斯和拜仁慕尼黑等强队，重新成为欧洲足坛冠军。其中半决赛主场对阵尤文图斯，曼联直到伤停补时才凭借吉格斯进球扳平比分1-1；次回合在都灵客场开局以0-2落后，随后连进三球3-2逆转胜出。1999年5月26日，是球队传奇教练毕树比爵士诞辰90周年纪念日，曼联也将在巴塞罗那诺坎普球场进行永载史册的欧洲冠军联赛决赛。曼联全场0-1落后于拜仁慕尼黑至八十多分钟，进入三分钟的伤停补时后，替补出场的两名前锋 谢林汉姆、索尔斯克亚连进两球，完成世界足坛顶级赛事中最著名的大逆转之一。

当时曼联状态极佳，单在国内联赛便差不多所有赛事全部胜出，且除切尔西外没有一支球队没有被曼联横扫。当法国国家队首席守门员巴夫斯于2000年加盟曼联后，当时整个欧洲听到要对赛曼联时，都闻风丧胆。最经典之作便是在2000－01年赛季的联赛，曼联以6比1大胜劲敌阿森纳，又以4比0大胜昔日豪门利物浦，成为一时佳话。1999、2000、2001赛季，曼联完成英超历史上第一次的三连冠。

后“三冠王”时期（2002年至2005年）

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2002－03年赛季是曼联有史以来最差的英超开局，在最后十轮比赛时竟落后榜首阿森纳5分之多，只是随后在10场比赛中赢得九场并作客逼平阿森纳，才扭转形势获得冠军。

2003－04年赛季曼联开始进行重组，将英格兰国家队队长贝克汉姆以2400万英镑卖到西班牙皇家马德里，又将华朗以1400万镑出售给切尔西，并以租借形式让巴夫斯加盟法国马赛，半季后正式卖断。这季曼联在联赛只能排第三，其中作客以0-1不敌升班马狼队，又在作客以0-2不敌实力平庸的朴茨茅斯，都一度使外界震惊。这时曼联以1200万英镑收购克里斯蒂亚诺·罗纳尔多，又以2700万英镑买入天材前锋鲁尼，作为建设弗格森时代的第三代阵容的核心球员。其间另一支对手切尔西被俄罗斯富豪阿布拉莫维奇收购，获得巨额资金支持，在英超崛起。同时切尔西还从曼联挖走首席执行官皮特·肯扬。

而财政上曼联也进入低潮。当连续八年成为全世界收入最高的球队后，曼联终于在2004－05年度被皇家马德里赶过排名跌落第二位，收入由对上一年的1亿7150万英镑退减到只有1亿6640万英镑，而同期皇马则上升至1亿8620万英镑，其中超越40%的收入来自商业活动。

格雷泽时期（2005-2013）

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在2004年末期，已经拥有美国橄榄球NFL坦帕湾海盗队的老板亿万富翁格雷泽的集团公开计划，要收购曼联全部股份。此出价引起极大的争议是他的计划将使曼联背上千百万英磅的债务。格雷泽的投资也被认为是欲利用曼联的名气获利，而非一心搞好曼联。格雷泽集团成为了大股东之一后，在2004年11月赶走三位董事会的理事。2005年5月12日，大股东爱尔兰赛马大亨迈格尼尔和麦克麦纳斯经过长期接触后，将他们的所有持股以每股3英镑卖给了格雷泽，使格雷泽持有大多数股份，足坛因此震惊。这立即激起了曼联球迷发怒抗议 [1]。2005年5月16日格雷泽掌握了超过75%持股，让曼联从伦敦证券交易所下市 [2]。6月28日，格雷泽集团持有了超过98%的股份，可以强制收购剩余所有股份，继而完成对曼联100%的收购计划。此次收购的最直接结果是俱乐部背上了巨额债务，格雷泽用来收购股份的约8亿英镑资金中大约有7亿是向租借得的，并以俱乐部将来的盈利和资产作为抵押。2006年预计曼联的利息支付就高达9000万英镑的天文数字，好在不久后俱乐部与债权方达成新的债务规划，但是第一年利息支付估计仍然有6200万英镑之多。

处于这争论的阴影下，曼联在球迷抗议及联合抵制等威胁中卫冕足协杯，比赛期间即使球场中线视野优良的位置大部分亦是空的。尽管明显掌控比赛，曼联非常地不幸在点球大战中输给阿森纳。该季曼联亦只能在联赛得到第三，被外界认为与新近获得俄罗斯亿万富翁阿布拉莫维奇投资的切尔西脱节。

2005－06年赛季表现也不太理想，最令人失望的是十年来第一次欧联小组赛出局。而在联赛也强差人意，单在上半季已被榜首切尔西抛离达13分。而季中老队长基恩同意终止合约离队；首席前锋范尼斯特鲁伊从英格兰联赛杯决赛后多次出任替补，被疑与弗格森发生矛盾。本来踏入2006年曼联在夺得联赛杯冠军后，创出九连胜纪录把榜首切尔西追至7分，但最终只能得到第二，连续三年失落联赛冠军，为英超开始后球队最差成绩。

2006-07赛季

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2006/07赛季之前三季曼联都与联赛冠军失之交臂，其中后两届都落后于新兴对手切尔西。而整个夏天只有从另一支英格兰球队热刺收购英格兰国脚迈克尔·卡里克，加上俱乐部历史上效率最高的前锋范尼斯特尔鲁伊转会皇家马德里。但是失去主力中锋的曼联反而打出了更加有效的多点进攻，年轻球星罗纳尔多、鲁尼等大为成熟，而上赛季因为眼疾缺阵半年的斯科尔斯和副队长吉格斯等年届三十的老将也重新大放异彩，最终压倒切尔西及阿森纳重夺失落三年的英超冠军。欧洲冠军联赛四分之一决赛，曼联主场7-1狂胜意甲劲旅罗马，打破多项历史高比分纪录，成为攻势足球经典之一。

除了联赛冠军外，本赛季曼联最大的收获是克里斯蒂亚诺·罗纳尔多在效力的第四赛季终于成熟，不但进一步提升其带球突破和控球技术，更加取得了大量的进球。最终罗纳尔多成为历史上第一个一举囊括了PFA最佳球员、PFA最佳青年球员和FWA英格兰足球先生三项个人荣誉的球员，并在年底的两项世界足球先生评选中分获第二和第三名。

2007-08赛季

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2006-07赛季结束后，格雷泽家族注资曼联，签下多位顶级球员迎来新赛季，包括哈格里夫斯、纳尼、安德森和泰维斯。新赛季开局时，球队面临鲁尼受伤和罗纳尔多禁赛等因素，第一个月的战绩并不理想，尤其是进攻不力招致批评。但是此后罗纳尔多、鲁尼复出，安德森、特维斯等逐渐融进球队，曼联创下了在连续四场比赛中攻入四球的成绩，而上一次如此犀利的攻击力的出现要追溯到一百年前的1907-08赛季，也是曼联第一次夺得国内联赛冠军的成功赛季。最终曼联更以最多进球、最少失球，卫冕英格兰超级联赛冠军，取得队史第十七个联赛冠军。

本赛季表现最出色的仍然是上赛季开始崛起的克里斯蒂亚诺·罗纳尔多，他作为边路球员，赛季共攻入42球（31个联赛进球），打破了乔治·贝斯特俱乐部边路球员进球的纪录（于3月19日对博尔顿打破），并囊括了几乎所有个人荣誉，包括蝉联PFA和FWA两个英格兰足球先生、英超最佳射手、欧洲金靴奖、欧洲冠军联赛最佳射手、欧洲足联俱乐部最佳球员等，年底他还获得了欧洲金球奖、世界足球先生两个国际足坛最重量的奖项。锋线搭档鲁尼、特维斯也表现出色，与罗纳尔多形成三叉戟，包揽了曼联70%以上的进球。同时，曼联的防守也达到了近代最高水平，里奥·费迪南德、内马尼亚·维迪奇组成的中卫搭档获得广泛称道，与九十年代初的加利·帕莱斯特和斯蒂夫·布鲁斯相媲美。

主条目：2008年欧洲冠军联赛决赛

在欧洲冠军联赛淘汰赛中，曼联以出色的防守连续战胜了里昂、罗马和巴塞罗那，与切尔西争夺有史以来第一个由英格兰俱乐部垄断的欧洲冠军杯，被英国媒体称为“两支英格兰球队历史上最重要的比赛”。2008年5月21日，曼联在决赛中经过120分钟苦战与切尔西1-1不分胜负，但是在之后的互射点球中以6-5取胜，获得了队史第三座欧洲冠军杯奖杯。对于俱乐部来说，在2008年完成联赛、欧洲冠军杯双冠有非凡的意义，因为这是曼联首夺联赛冠军100周年纪念、慕尼黑空难50周年纪念，和首夺欧洲冠军杯40周年纪念。

2008-09赛季

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2008/09年赛季，曼联夺得俱乐部世界杯和英格兰联赛杯，成功卫冕英格兰超级联赛冠军。这个冠军亦是曼联的第18个英格兰顶级联赛冠军，成功追平利物浦的纪录，再次成就英超三连冠。不过曼联在2009年欧洲冠军联赛决赛以0:2不敌巴塞罗那，未能卫冕欧洲冠军杯冠军。

2009-10赛季

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主条目：曼联2009年至2010年赛季

2009年夏天，曼联核心中场克里斯蒂亚诺·罗纳尔多以创纪录的8,000万英镑的身价转会西甲豪门皇家马德里，随后另一主力前锋特维斯转投曼城。为了填补两大将离队的损失，曼联从维冈引进了巴伦西亚，又免费获得迈克尔·欧文。在2009年8月9日举行新赛季第一项锦标的英格兰社区盾比赛中，曼联12码负于切尔西，无缘冠军。曼联亦连续第14届参与欧联赛事，可惜于2010年4月7日欧联八强赛败在拜仁脚下出局。拜仁自01年后再次杀入欧联半决赛，而曼联出局令英超球队7年来首次未能在欧联4强取得任何席位。[3] 联赛也在最后一轮切尔西以八比零大胜维冈之后以一分之差未能卫冕成功，仍然和利物浦共享顶级联赛冠军纪录。

2010-11赛季

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主条目：曼联2010年至2011年赛季

曼联在本赛季的首要目标是重夺上季失落的联赛冠军，赛季前引进了墨西哥前锋“小豌豆”埃尔南德斯。曼联于2010年8月8日在温布利球场以3-1击败切尔西夺得社区盾冠军先拔头筹。曼联在足协杯的表现亦不俗，可惜于2011年4月16日0-1败给同市宿敌曼城四强止步。2011年5月14日，曼联作客伊活公园1-1赛和布莱克本流浪者后提前一轮夺得英格兰超级联赛冠军，以19次顶级联赛冠军打破死敌利物浦的旧纪录。曼联亦连续第15届参与欧联赛事，更四季内三次晋级决赛，可惜于2011年5月28日在温布利球场以1-3败给巴塞罗那，未能获得冠军。

2011-12赛季

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主条目：曼联2011年至2012年赛季

2011年夏天，多项因素相加，使一向万众触目的曼联加陪地备受各方所关注。季前已有多名功勋卓越的老将包括范德萨、斯科尔斯、加里·内维尔铁定退役，后防重臣里奥·费迪南德、埃夫拉以及中场吉格斯俱都步入黄昏，加上队长维迪奇伤患随年渐增，又有哈格里夫斯、奥谢、布朗等多名战略要员离队，球队大换血已是势在必行。另一方面，3年内两度于欧联决战败于巴塞手下，球队似乎必须在基本战术大方向上作出调整、甚至改变，以配合上下一致的复仇决心，挑战地上最强。季前管理层已不断明言会有大动作，及后亦于转会期之初便迎来了西班牙天才国门大卫·德赫亚、本土一对年轻国脚菲尔·琼斯和阿什利·杨，对于接下来还会出现什么样的收购，各方媒体便作出了极多忖测，无数天王级球星和世界各地年轻天才的名字都纷纷与曼联牵扯上。但是不久之后，主教练弗格森却宣布今夏的收购行动经已结束。

三名新将加上租借回收的小将维尔贝克、汤姆·克莱维利与及上季来投的小将斯莫林相继加盟。这群少年红魔加上了上季已经表现神勇的鲁尼、纳尼、哈维尔·埃尔南德斯与及脱胎换骨的安德森，合组成令人期待的首发名单。随着首轮客战西布罗姆维奇时，维迪奇与费迪南德相继伤出，曼联年轻的首发阵容正式面世。虽然在首战中只能惊险地于末段上演绝杀，以2:1仅胜对手，换来各方疑虑。可是这样的阵容并未使疑虑成真，更迅速地在季初便告着火。次轮联赛，年轻的曼联兵不血刃地以3:0轻取近年冒升的热刺。第三轮，更以8:2的历史性比分大破宿敌阿森纳。第四轮，5:0轻取博尔顿。至联赛第五轮，曼联迎来了另一个挑战，主场迎战切尔西，以3:1胜出。为弗格森执教25年来，最佳联赛开局。

在一个绝佳开局以后，球队问题开始暴露，在1:1赛和斯托克城一役中场失去主导，虽然紧接以2:0轻取诺里奇城，但其后再赛和红军，年轻的球队开始使人担忧。果然其后在迎战曼城时，中场线完全被击溃，两翼亦遭针对性钳制，结果历史性地于主场大败，被同市宿敌以6:1痛击。喜幸在遭此挫败后，年轻的球队并未一沉不起，反而接连三周取胜。然而三场赛事均只能少胜1:0，且对手为埃弗顿、桑德兰及斯旺西，实力本被看淡，球队前景仍难使人释疑。

2011年12月8日，作客1:2不敌瑞士球队巴塞尔，于欧冠杯小组第三名出局。

2012年1月8日，英格兰足总杯第三轮对阵同城死敌曼城时，曼联传奇中场、退休了半季的斯科尔斯宣告复出，暂时解决曼联中场荒。该场比赛曼联以3-2击败曼城。比赛过后，斯科尔斯宣布他会为曼联踢至季尾。

2012年3月15日，于欧洲联赛16强总比分3-5不敌西班牙球队毕尔巴鄂出局。

2012年5月13日，与同城死敌曼城竞争至最后一轮联赛仍未分出胜负，曼联最后一轮联赛作客1-0击败桑德兰。另一方面曼城主场迎战女王公园巡游者，女王公园巡游者一度反超前2-1，最后曼城在下半场补时5分钟内，连入两球反胜对手，曼联最终以净胜球差不敌曼城宣布卫冕英超联赛失败。

2012-13赛季

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主条目：曼联2012年至2013年赛季

2012年夏天，曼联成功邀请宿敌阿森纳的前锋范佩西加盟，而这位荷兰前锋加盟后也有好表现，先后在对阵利物浦、阿森纳、切尔西和曼城的四场英超大战中取得进球，再加上“小豌豆”埃尔南德斯表现回勇，屡建奇功及绝杀对手，令曼联早早于联赛积分榜抛离第二位的曼城10分之多，欧冠方面，小组赛首4场赛事全部胜出，顺利取得出线权，但于16强领先下被罚一张争议性红牌，最终不敌皇家马德里，总比分2-3出局。

同年4月1日，于英足杯8强重赛0-1不敌切尔西，未能实现双冠。

2013年4月22日，曼联确定提前夺得第13座英超冠军，也是俱乐部史上第20次夺得顶级联赛冠军，抛离死敌利物浦的18次冠军。5月8日，主教练弗格森宣布于本季球赛结束后退休，结束在曼联26年间的执教生涯[4]。其接任人为埃弗顿主教练莫耶斯[5]，同时，老臣子斯科尔斯亦宣布二度退休，而担任了十年首席执行官的大卫·吉尔（英语：David Gill (executive)）也离任。