重庆主城区是一座重工业城市，加上地理环境特殊，重庆曾经面临严重的空气污染，主城区尤其严重。而且，经济发展带来的汽车尾气污染则成为新生的环境问题。为此，重庆极力发展公共交通事业。自2000年以来，重庆主城区关停或搬迁了大量的污染严重的工矿企业，并大量种植绿色植物，环境和空气质量已有大幅上升。

重庆市虽然依山傍水，但是因为以前工厂在全市普及，环境在以前管理不过关，导致城市污染严重、空气不佳。之前，重庆市政府有一项名为“森林重庆”的工程，计划在十年之内，打造全国“十佳宜居城市”。经过近年来大力开展的环境治理及生态改善措施，重庆市已经成为中國国内空气质量优良天数最多的大城市之一。

土地

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重庆面临水土流失、森林数量减少、矿产资源不合理利用以及农村生态失控的问题。重庆区县地区的生态面临着三峽工程的影响，三峡大坝修建后，上升的水位淹没土地，造成用地流失和生物栖息地受损、地质结构被改变，其对重庆区县生态的影响具有不确定性。2014年，重庆市土地总面积为823.74万公顷，其中耕地245.59万公顷，园地27.01万公顷，林地378.08万公顷，草地32.65万公顷；建设用地140.41万公顷。[24]

矿产

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重庆有矿产68种，潜在总价值位列全国第25位。在全国排前十位的有14种，依次为石英砂岩、毒重石、岩盐、汞、锶、锰、铝土矿、滑石、耐火粘土、水泥配料泥岩。[25]

煤在重庆分布广而相对集中。多产于山脉轴部和两部的古生代地层中，大多分布于南同、永荣、华蓥山煤田和渝东、渝东南、渝东北三个聚煤地区。已探明的煤矿储量达到30多亿吨，全市年产煤量最多可达4100吨。重庆五大重点国有煤矿区是南桐、松藻、永荣、天府和中梁山。

铁矿以赤铁矿（主要成分为三氧化二铁），菱铁矿（主要成分为碳酸亚铁）为主。含铁量比较低，采选困难。已探明的储量有3亿余吨。

重庆天然气分属川东和川南气田。已探明的储量有2600亿m³。特点表现为东多西少，北多南少，产量大，压力大，含硫高等特点。重庆天然气年开采量达56亿m³，其中位于长寿区，垫江区的卧龙河气田的产量最大。川南气田在重庆市境内储量较小。

石灰石主要分布于歌乐山、南温泉、永川水口山、江津猫儿峡等低山区和东部、南部山区的背斜地区。岩盐矿在忠县、云阳一带分布。钡矿在城口，锰矿、钨矿和汞矿在秀山。渝北有石膏矿，彭水、黔江有重晶石矿。以及合川、铜梁的锶矿。上述矿产资源为重庆的工业发展提供了有利的条件。[26]

重庆市有中低温地热水114处，其中天然温泉26处，坑道温泉16处，钻井温泉72处[27]。截至2015年底，涪陵页岩气田累积探明储量3805.98亿立方米，共钻井294口，累积产气44.23亿方[24]。

灾害

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重庆在2005-2008年间連續遭遇旱灾[28]和水灾，有观点认为，灾害的发生与三峡工程有关。

2011年，重庆发生地质灾害133起，其中滑坡78起、崩塌43起、泥石流1起、地面塌陷11起，造成2人死亡、4人受伤，直接经济损失约6400万元。灾害主要原因是强降雨，其次是三峡工程和其他人类工程活动[27]。2015年共发生地质灾害灾情376起，其中滑坡286起、崩塌59起、泥石流17起、地面塌陷10起，地裂缝4起，造成7人死亡、8人受伤，直接经济损失约7750万元[24]。

生态

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重庆区域内分布有国家一级保护植物5种，二级保护植物22种，三级保护植物25种，已建的自然保护区31个，森林公园49个，各类风景名胜区42个，森林覆盖率约为35%。[29]